Az időjárás ezúttal egy cseppet sem volt barátságosnak mondható, a pénteki nappal ellentétben ugyanis vizes pályán kezdődhetett meg a gyakorlás egy korábbi esőnek köszönhetően. Mindemellett a levegő hőmérséklete viszont 20 fok volt Fudzsi térségében. A szabadedzésen egyébként már nem esett az eső.

A williamses Nico Rosberg hajtott ki elsőként a pályára a kvalifikáció előtti utolsó gyakorláson, akit aztán rögvest követett szinte a mezőny minden tagja, de végül mindenki visszatért a bokszutcába. A két ferraris, illetve a hondás Rubens Barrichello azonban még egy installációs kör erejéig sem látogatott ki az aszfaltcsíkra. Végül utóbbi pilóta hét perccel a tréning kezdete után döntött úgy, hogy megnézi a pályán uralkodó feltételeket.

Az első mért kört Barrichello csapattársa, Jenson Button szállította 10 perc után, az 1:28.661-es idő azonban jócskán elmaradt a pénteken elért eredményektől, hiszen azok 10 másodperccel voltak jobban. A toyotás Timo Glock első próbálkozásra jobbat ment, mint Button, ám a második tréning nyertese is csak 5 tizeddel tudta megverni a hondást.

Negyed óra elteltével a Ferrari pilótái közül, Kimi Räikkönen is elérkezettnek látta az időt arra, hogy felmérje a terepet, és a finn a hatodik legjobb idővel nyitott, ezredmásodpercre azonos eredményt érve el a BMW-s Nick Heidfelddel. Az élen eközben a McLaren-Mercedes finn pilótája, Heikki Kovalainen állt, aki 1 perc 28 másodperc alá szorította a legjobb eredményt. Nem sokáig örülhetett a finn az első helynek, ugyanis csapattársa, Lewis Hamilton vette át a vezetést, aki egy újabb próbálkozással már 1 perc 27 másodpercen belülre került, miután elsőként tetette fel autójára az intermediate (köztes esőgumi) abroncsokat.

Húsz perccel a start után Felipe Massa is hozzálátott a munkához, aki a hetedik pozícióban nyitott. Az élre közben a pénteki második szabadedzés győztese, Timo Glok ugrott fel, akinek azonban pár perc után vissza kellett adnia a vezető pozíciót Hamiltonnak. A világbajnoki éllovas már 1 perc 26 másodpercen belül tett meg egy kört a pályán.

Az utolsó szabadedzés felénél járva már csak a Force Indiás Adrian Sutilnak nem volt mért köre, a német pilóta összesen három kört tett meg a pályán, és azóta a garázsban pihent. Csapattársa, Giancarlo Fisichella sem tartózkodott az aszfaltcsíkon, így az utolsó két helyet az indiai alakulat versenyzői foglalták el. A csapat fék, illetve hidraulikai problémákat igyekezett orvosolni a pilóták autóiban.

23 perccel a tréning leintése előtt Massának is sikerült 1 perc 26 másodpercen belülre kerülni, így a brazil átvette a vezetést legnagyobb riválisától, Hamiltontól. Időközben Sébastien Bourdais is tovább faragott legjobbján, ám a világbajnoki címért csatázó két versenyzőt nem tudta megelőzni és csak a harmadik volt ekkor.

Már csak 10 perc volt hátra az időmérő előtti utolsó szabadedzésből, amikor továbbra is Massa állt az élen, Glock volt a második, Hamilton pedig a harmadik, majd Mark Webber, Bourdais, Nakadzsima Kazuki, Nelsinho Piquet és Jarno Trulli volt a további a sorrend. A mezőny legvégén a két Force India állt, és már Sutilnak is volt mért köre.

Az utolsó öt percben nagy lett a forgalom a fudzsi pályán, hiszen szinte a mezőny minden tagja az aszfaltcsíkon tartózkodott, a Ferrari és a McLaren-Mercedes pilótáit kivéve. Kubica jött is egy remek időt, és átvette a vezetést Massától, ám néhány másodperccel később Piquet letaszította az élről a lengyelt, majd kettejük közé David Coulthard is befurakodott a Red Bull Racinggel.

Közben Heidfeld, majd ismét Kubica ugrott az élre, az utolsó gyors körét futó Glock azonban a lengyelt már nem tudta megelőzni, és be kellett érnie a második pozícióval. Piquet a harmadik legjobb időt könyvelhette le, míg Heidfeld végül csak a negyedik pozícióban zárt. Mögöttük Nakadzsima, Coulthard, Massa, Webber, Fernando Alonso és Sebastian Vettel volt az első tíz sorrendje. A világbajnoki éllovas, Hamilton csak a 11. lett, míg Kovalainen a 15., Räikkönen pedig csak a 16. helyen zárt a kvalifikáció előtt.

A Force India pilótái foglalhatták el az utolsó helyeket, Sutil még meg tudta előzni Fisichellát.

Nem meglepő módon, a vizes aszfalton zajló gyakorláson sok hibát lehetett látni, többen vették igénybe a bukótereket. A Williams versenyzői az első kanyart vágták le, Trulli a hatos hajtűkanyarnál forgott meg, Räikkönen pedig az utolsó kanyarban pördült ki. Szerencsére az autókban nem keletkezett kár.

Az időmérő edzést magyar idő szerint reggel hét órakor rendezik a Fuji Speedwayen, és az autosport.com értesülése szerint sok csapat arra számít, hogy a kvalifikáción esni fog az eső.